Τα Κουφονήσια κατοικούνται τουλάχιστον από την εποχή του χαλκού σύμφωνα με τα ευρήματα των αρχαιολογικών ανασκαφών.
Στον Ελλαδικό χώρο η εποχή του χαλκού αρχίζει με τον κυκλαδικό πολιτισμό στα νησιά του νοτίου αιγαίου το 3.200 π.χ.
Στο αρχαιολογικό μουσείο της Νάξου εκτίθενται ευρήματα, από τα Κουφονήσια, της πρωτοκυκλαδικής περιόδου (3.200 π.χ.), όπως ένα τηγανόσχημο αγγείο με χαραγμένο ένα εννεάκτινο αστέρι.
Το όνομα ‘Κουφονήσια’ δεν είναι βέβαιο από το πώς προήλθε. Τα αναγνώσματα δημιουργούν εικασίες που ίσως να συντρέχουν στον ίδιο συνειρμό.
Σε Ελληνικές επιγραφές, το Πάνω Κουφονήσι, καταγράφεται ως ‘Φακούσα’ πιθανόν από το σχήμα του νησιού κάτι το οποίο συνηθίζονταν στην αρχαία Ελλάδα, ενώ το Κάτω Κουφονήσι ονομαζόταν ‘Πίνο’, ίσως γιατί έμοιαζε με το όστρακο Πίνα ή επειδή υπάρχουν πολλές Πίνες στην γύρω θαλάσσια περιοχή.
Μία άλλη εκδοχή αναφέρει ότι τα ιζηματογενή πετρώματα του νησιού και οι πολλές σπηλιές γύρω από τα νησιά ώθησαν τους ναυτικούς να τα αποκαλούν ‘Κουφά νησιά = Κουφονήσια’.
Κάποιοι άλλοι ναυτικοί χαρακτήριζαν το σύμπλεγμα των νησιών ‘Κωφό λιμήν = Νησιά Ασφαλούς λιμενισμού = Κουφονήσια.
Κάποιοι νεότεροι αρέσκονται να συνδέουν το ‘Κουφό’ με το ‘Απίστευτο’ και έτσι, με το όνομα Κουφονήσια, οι περισσότεροι είμαστε ικανοποιημένοι.
Οι ερευνητές αρχαιολόγοι πιθανολογούν ότι τα νησιά Πάνω Κουφονήσι, Κάτω Κουφονήσι, Γλαρονήσι και Κέρος, τα οποία σχηματίζουν κύκλο, ήταν μεταξύ τους ενωμένα δίχως να μεσολαβεί θαλάσσιος χώρος, ή τουλάχιστον το θαλάσσιο πλάτος που γνωρίζουμε σήμερα.
Αρχαιολογικές έρευνες στην περιοχή Κάβος Δασκαλιού στην Κέρο και στην Νοτιοδυτική πλευρά, θέση Λουτρά του Πάνω Κουφονησίου υποδεικνύουν κτίσματα που συνεχίζονται στην θαλάσσια περιοχή.
Έρευνες στην Κέρο, στην θέση Κάβος Δασκαλειό αποκαλύπτουν ένα κέντρο λατρευτικής τέλεσης. Θεωρούν ότι ίσως να είναι το πρώτο παρόμοιο νησιωτικό λατρευτικό κέντρο στον κόσμο.
Άλλα αρχαιολογικά ευρήματα υποδεικνύουν κοινωνική οργάνωση, στα Κουφονήσια, κατά τους ελληνιστικούς και ρωμαϊκούς χρόνους. Ευρήματα, στο Πάνω Κουφονήσι, υποδεικνύουν την ύπαρξη ρωμαϊκού οικισμού.
Παλαιοχριστιανικά λείψανα υπάρχουν στις Εκκλησίες του Αγίου Γεωργίου και Αγίου Νικολάου.
Την περίοδο του Βυζαντίου η Νάξος και οι μικρές Κυκλάδες ήταν στρατιωτική περιφέρεια της αυτοκρατορίας του Βυζαντίου (Θέμα).
Στο Πάνω Κουφονήσι υπήρχαν 4 βυζαντινές εκκλησίες που όμως έχουν καταστραφεί. Οι θέσεις τους ήταν μία στο χωριό, μία στην σημερινή θέση της εκκλησίας του Αγίου Νικολάου, στην θέση της εκκλησίας του προφήτη Ηλία, μία στο Πορί και μία στον Παριανό.
Ίχνη βυζαντινής εκκλησίας υπάρχουν στο Κάτω Κουφονήσι, κοντά στην θέση που βρίσκετε η εκκλησία της Παναγίας.
Οι πειρατές που άκμασαν την εποχή του μεσαίωνα στο Αιγαίο, δεν παρέλειψαν και τα Κουφονήσια, καθώς η διάταξή τους, εξυπηρετούσε ως ασφαλές καταφύγιο και λιμάνι.
Τα Κουφονήσια γνώρισαν την κυριαρχία των Ενετών και την κυριαρχία των Τούρκων.
Το 1830 περιήλθαν στο νεοσύστατο Ελληνικό κράτος.
Την περίοδο 1940 – 44, η Ελλάδα ήταν υπό την στρατιωτική κατοχή του Άξονα. Τα Κουφονήσια, αρχικά, ήταν υπό Ιταλικής διοίκησης με έδρα την Αμοργό. Ο Ιταλικός στρατός για να ικανοποιήσει την τροφοδοσία του στρατεύματος κατοχής είχε επιτάξει την εκάστοτε παραγωγή των κτηνοτρόφων και γεωργών του νησιού. Κατά εξαίρεση, επιτρεπόταν να προμηθεύονται κρέας και οπωρολαχανικά αρκετά ώστε να μπορούν να πραγματοποιήσουν το πανηγύρι του Αγίου Γεωργίου, προστάτη των Κουφονησίων.
Το 1943 οι Ιταλοί αποσύρονται από τις δυνάμεις του Άξονα και τα Κουφονήσια θα γνωρίσουν την σκληρότητα της Γερμανικής ναζιστικής διοίκησης.
Μετά την λήξη του 2ου παγκοσμίου πολέμου πολλοί κάτοικοι των Κουφονησίων εξαντλημένοι οικονομικά κατέφυγαν στα μεγάλα αστικά κέντρα προς αναζήτηση εργασίας, ενώ κάποιοι άλλοι έγιναν ναυτικοί. Από τους χίλιους περίπου κατοίκους των Κουφονησίων ελάχιστοι παρέμειναν στο νησί.
Στα τέλη της δεκαετίας του 1960 οι λιγοστοί κάτοικοι της Κέρου και του Κάτω Κουφονησίου εγκαταλείπουν τα σπίτια τους και ενώνονται όλοι μαζί στο Πάνω Κουφονήσι.
Αν κάποια στιγμή γνωρίσετε έναν Κουφονησιώτη που θα σας πεί ‘…κάτσε, φάε πιές…’ να ξέρετε ότι είναι απόφθεγμα εκείνων των δύσκολων εποχών.
Η επικοινωνία με τα γύρω νησιά ή με την υπόλοιπη Ελλάδα ήταν δύσκολη. Γινόταν με καΐκια που διέθεταν κουπιά και πανί ενώ ένα καράβι πέρναγε από τα νησιά ανά 8 ημέρες. Πολλές ήταν οι περιπτώσεις που οι κάτοικοι παρέμεναν αποκλεισμένοι, χωρίς προμήθειες, σε τρόφιμα και φάρμακα αλλά και χωρίς γιατρό. Υπήρχε ένας γιατρός για όλες τις Μικρές Κυκλάδες (4 νησιά).
Τηλεφωνικές γραμμές εγκαταστάθηκαν στο Πάνω Κουφονήσι το 1964.
Το 1984 έγινε εγκατάσταση ηλεκτροδότησης και κατασκευάστηκε το λιμάνι του νησιού.
Σήμερα τα Κουφονήσια έχουν αυξήσει τον πληθυσμό τους αλλά είναι λιγότεροι από 500 κάτοικοι.
Διαθέτουν συχνά και τακτικά δρομολόγια πλοίων.
Διαθέτουν γιατρό και φαρμακευτικές προμήθειες.
Διαθέτουν και παρέχουν τις απαραίτητες ανέσεις.
Κυρίως έχουν πολλούς Φίλους…