In base ai ritrovamenti archeologici Koufonissia sono state abitate già dall’epoca del bronzo.
In Grecia l’epoca del bronzo inizia con la civiltà Cicladica nelle isole dell’Egeo del sud, nel 3.200 a.C.
Nel Museo Archeologico di Naxos sono esposti dei ritrovamenti provenienti da Koufonissia, risalenti al periodo Protocicladico (3.200 a.C.), come un vaso a forma di tegame con incisa una stella a nove raggi.
Il nome ‘Koufonissia’ non ha origini certe. La letteratura offre diverse tesi che alla fine arrivano alle stesse conclusioni.
In diverse scritture greche, Pano Koufonissi, viene chiamato ‘Fakussa’ (faki=lenticchia), molto probabilmente dalla forma dell’isola, cosa molto comune nella Grecia antica, mentre Kato Koufonissi veniva chiamata ‘Pino’, forse perchè assomigliava ad un ostrica chiamata pinna o perchè c’erano tante pinne nella zona marina circostante.
Un’altra tesi sostiene che le rocce sedimentarie e le tante grotte delle isole, hanno spinto i marinai a chiamarle Koufà nissia (isole vuote) = Κoufonissia. Altri marinai consideravano l’insieme delle isole come ‘Kofo limin = Isole di attracco sicuro = Koufonissia’.
I più giovani trovano interesante associare il ‘Koufò’ (assurdo) con ‘l’incredibile’ e così il nome Koufonissia soddisfa un pò tutti.
Gli archeologi ricercatori ipotizzano che le isole Pano Koufonissi, Kato Koufonissi, Glaronissi e Keros, che descrivono un cerchio, erano unite fra loro senza il mare in mezzo o per lo meno senza lo spazio marino che oggi conosciamo.

Dalle ricerche archeologiche in località Kavos Dascaliou a Keros e nel lato sud-est, località Loutrà di Pano Koufonissi vengono indicate delle costruzioni che continuano dentro l’acqua del mare.
Delle ricerche a Keros, in posizione Kavos Dascalio rivelano un santuario di culti religiosi. Si suppone fosse il primo luogo isolano di culto al mondo.
Altri ritrovamenti archeologici indicano un’organizzazione sociale a Koufonissia durante il periodo Greco-Romano. Dei ritrovamenti a Pano Koufonissi testimoniano l’esistenza di un insediamento Romano.
Reliquie Paleocristiane si trovano nelle chiese di San Giorgio e San Nicola.

Durante il periodo Bizantino, Naxos e le piccole Cicladi costituivano un distretto militare dell’impero Bizantino (Thema).
A Pano Koufonissi esistevano 4 chiese Bizantine che sono state distrutte. Una si trovava in paese, dove oggi c’è la chiesa di San Nicola, un’altra al posto della chiesa di Profeta Elia, una a Porì ed una a Parianos.
A Kato Koufonissi ci sono tracce di una chiesa bizantina vicino alla chiesa della Madonna.
Durante il medioevo, i pirati che navigavano l’Egeo, non hanno tralasciato Koufonissia visto che la posizione serviva come rifuggio e porto sicuro.
Koufonissia hanno conosciuto l’occupazione dei Veneti e dei Turchi.

Nel 1830 sono state incorporate al nuovo Stato Greco.

Nel periodo 1940-44, la Grecia era sotto l’occupazione militare dell’Asse. Koufonissia, inizialmente erano sotto amministrazione Italiana con sede ad Amorgos. L’esercito Italiano, per poter assicurare la fornitura di viveri all’esercito dell’occupazione, requisiva i prodotti degli agricoltori e degli allevatori dell’isola. In via eccezionale, era permesso fornirsi di carne e verdure per la realizzazione della festa di San Giorgio, protettore dell’isola.

Nel 1943 gli Italiani si ritirarono dalle potenze dell’Asse e Koufonissia conosceranno la crudeltà dell’amministrazione Tedesca, nazista.
Dopo la fine della seconda guerra mondiale molti degli abitanti di Koufonissia, economicamente impoveriti, si trasferirono nei grandi centri urbani in cerca di lavoro. Mentre altri scelsero di fare i marinai. Dai mille circa abitanti di Koufonissia pochissimi sono rimasti sull’isola.

Alla fine degli anni ’60 i pochissimi abitanti di Keros e Kato Koufonissi abbandonarono le loro abitazioni per trasferirsi tutti a Pano Koufonissi.
Se una persona di Koufonissia vi dicesse… siediti, mangia e bevi… sappiate che è a causa di quel periodo difficile.
La comunicazione con le isole circostanti ed il resto della Grecia era difficile. Si usavano i caicchi a remi o a vela mentre la nave passava dalle isole ogni 8 giorni. In tante occasioni gli abitanti sono rimasti isolati, senza rifornimenti di cibo e medicinali e senza medico. Esisteva un solo medico per tutte le Piccole Cicladi (4 isole).

Le linee telefoniche sono state installate a Pano Koufonissi nel 1964.

Nel 1984 è stata erogata l’eletricità ed è stato costruito il porto dell’isola.

Oggi a Koufonissia è aumentato il numero dei residenti, ma sono meno di 500 persone.
Esistono collegamenti marini frequenti e regolari.
Esiste un medico e rifornimenti di medicinali.
Esistono e si offrono le necessarie comodità.
Ma soprattutto esistono amici…